LogoMotif

General information

Regulator	DasR
Gene identifier	SCO5231 - SC7E4.28c
Family	GntR
Regulation type	Repressor
Function	N-acetylglucosamine utilization
Organism	Streptomyces coelicolor

External links

Sequence logo

Logo

Based on 63 sites.

Position Frequency Matrix

PFM


T	5	22	30	1	0	57	0	56	1	0	16	0	0	13	11	28
G	4	9	0	62	61	0	12	4	13	50	0	0	1	1	18	1
C	12	21	2	0	2	2	47	3	0	7	0	63	52	3	27	10
A	42	11	31	0	0	4	4	0	49	6	47	0	10	46	7	24

Position Weight Matrix

PWM


T	-0.48	0.85	1.20	-1.11	-1.32	2.01	-1.32	1.98	-1.11	-1.32	0.50	-1.32	-1.32	0.29	0.14	1.12
G	-0.61	-0.04	-1.32	2.12	2.10	-1.32	0.22	-0.61	0.29	1.84	-1.32	-1.32	-1.11	-1.11	0.63	-1.11
C	0.22	0.79	-0.92	-1.32	-0.92	-0.92	1.76	-0.76	-1.32	-0.24	-1.32	2.14	1.89	-0.76	1.08	0.05
A	1.62	0.14	1.24	-1.32	-1.32	-0.61	-0.61	-1.32	1.81	-0.36	1.76	-1.32	0.05	1.73	-0.24	0.94

Predictions

Scroll zoom

Score:

Animate
Node Repulsion
Ideal Edge Length

Curated binding sequences
Predicted binding sequences

Gene ID	Location	Orientation	Binding sequence	Method	Reference
SCO1390	-130	+	TGTGGTCTAGACCTCT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO1429	-96	+	ACTGGTCTAGTCCTCC	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO1429	-118	+	AATGGTCCGAACCATT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO1444	-53	+	ACTGGTCTAGTCCTCT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO1444	-75	+	ATTGGTCCATACCTAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2503	-78	+	AAAGGTCTGGACCACA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2503	-99	+	CTTGGTCCAGACCTCT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2503	-73	+	TCTGGACCACAGCACT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2833	-110	+	ACATGTCCATACCAAA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2833	-70	+	GCAGGTCTAGACCAAG	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2906	-41	+	ACTGGTCTACACCAGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2906	718	+	ATCGGTCTGCACCAGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2906	1287	+	CAAGGTGTAGACCTCT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2907	-49	+	ACAGGTCTACACCACT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2907	-32	+	AGTGGTGTAGACCACC	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2907	-236	+	CAAGGTGTAGACCTCT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO4285	-83	+	AGAGGTCTAGTCCACT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO4285	-101	+	GGTGGTGTAGACCTTA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO4286	-81	+	AGAGGTCTAGTCCACT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO4286	-63	+	GGTGGTGTAGACCTTA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5003	-77	+	GGTGGTCCAGACCAAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5003	-258	+	GGTGGTCCAGACCAAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5230	-118	+	TCTGGTCTAGTCCTGG	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5231	-150	+	CTTGGTCTAGTCCATA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5230	755	+	TCTGGTCTAGTCCTGG	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5232	-106	+	ACTGGTCTACACCATT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5232	-322	+	CTTGGTCTAGTCCATA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5236	-68	+	TGTGGTTTAGACCAAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5376	-109	+	ATAGGTCTGGACCAAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5376	-88	+	AAAGGTCTGGACCATA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5673	-63	+	ATTGGTCTGGACCAAA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5841	-51	+	AGTTGTCTAGACCAGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5841	-66	+	TCTTGTCTAGACCAGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6004	-244	+	AGTGGACTATACCTGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6004	-334	+	AGTGGACTATACCTGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6012	-111	+	AATGGTCTGGACCAGA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6012	-127	+	ATGGGACTAGACCAAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6012	-274	+	AATGGTCTGGACCAGA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6012	-258	+	ATGGGACTAGACCAAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6032	-154	+	CTTGGTCTAGTCCATT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6032	-278	+	CTTGGTCTAGTCCATT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6300	-131	+	ATAGGTCTAGACAAAA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6300	-116	+	AGAGGTCTAGACAAAA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6344	-133	+	TAAGGTCTAGACCTGC	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6344	-153	+	GTAGGTCTAGACCTGC	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6344	-114	+	TAAGGTCTAGACCTGC	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6344	-94	+	GTAGGTCTAGACCTGC	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO7225	-34	+	TCAGGTCTAGACCTGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO7224	-168	+	CCTTGTCTAGACCAAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO7225	-55	+	TATGGTCTAGACCTGA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5085	-59	+	TGTTGAGTAGGCCTGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5877	612	+	ACTGCTGGAGACCGGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5881	-201	+	AGTGGTTTCCACCTCA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6273	-13	+	ACATGCGTAATCAACT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO2504	515	+	AGTGGTCTGCACCTGG	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO3679	-314	+	TGTTGTCTAGTCCAAT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5239	-335	+	AGTGGTCTAGTCCACA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO5550	-18	+	ACTGGTCTAAACCACA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO3490	-118	+	AATCGTCAAGACCTGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO4699	2130	+	AGAGGTCGACACCCGT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO6627	841	+	CACGGTGTAGACATCA	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO3262	-118	+	ACAGGAGGACACCATT	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)
SCO7056	-79	+	ATTGGTCTAAACCAGC	ChIP-chip	M.A. Świątek-Połatyńska et al. (2015)

Region	Location	Orientation	Score	Binding sequence	Method